В отряде полковника Ковальского присутствуют два бойца — капитан Тарасов и прапорщик Волентир. Они списаны с персонажей советских фильмов «В зоне особого внимания» и «Ответный ход» Тарасова и Волентира. Контролёры обрели способность говорить (точнее внушать свои слова другим существам). Во всех скриптовых сценах, где показывается Дегтярёв от третьего лица, он без шлема (даже если тот встроен в костюм). Во вступительном ролике перед началом игры говорится что майор Дегтярёв начинает своё расследование «с двухнедельным запасом провизии» хотя в начале игры, в действительности, в его рюкзаке лежит палка колбасы, батон хлеба и 2 банки консервов. Остаётся только догадываться, как майор должен питаться этим 14 дней. Хотя можно предположить что Дегтярёв добирался до точки, где начинается игра, как раз где-то около двух недель, на что указывают некоторые звуковые файлы игры, вырезанные из вступительного ролика. Если получить достижение «Научный сотрудник», то Герман разработает и начнет продавать препарат, защищающий от Выброса. Но три (одну в логове контролера и две в канализационной трубе под ВНЗ) дозы этого препарата можно найти в тайниках на Затоне еще до этого. Солнце в игре медленно скачет вверх-вниз (Рассвет там же, где и закат). В квесте «Замеры в аномалиях» сталкеры в числе прочего замеряют уровень торсионного поля аномалий. Сталкеры прекрасно осведомлены о том, что расположение аномалий изменяется после выброса, это же сообщается игроку в начале игры. Тем не менее, военные об этом не имели понятия, хотя имеются приборы наблюдения за расположением аномалий в воздухе, а в СБУ, спецназе и прочих ведомствах много бывших сталкеров, в частности сам Дягтерев. Если спрашивать сталкеров об Оазисе, то они скажут, что он находится в Припяти под колесом обозрения, которого нет в игре (оно видно за пределом карты). Если внимательно присмотреться к экранам мониторов в лагере ученых на «Юпитере» (компьютеры с результатами исследований), можно заметить, что там просматривается папка gamedata игры, конкретно модели монстров и артефактов. Как минимум один автомобиль в игре вместо советского автомобильного номера имеет современный номер 11 региона Украины (с флагом). В записке Клыка Стрелку, в одном из тайников, говорится про некий тайник в Припяти. Действительно, в части Тень Чернобыля есть схрон «Хабар Клыка» с экзоскелетом внутри. В игре есть отсылка к Call of Duty: Modern Warfarе: операция одиночный выстрел, с таким же названием и содержанием как и в Call of Duty: Modern Warfare.
